以獲得安全證書的轉基因作物為主要對象，系統開展其自然生態風險的研究和監測，明確其大規模生產和應用后對生物多樣性和重要生態功能的長期環境效應，闡明轉基因作物在自然生態系統中的長期演化規律，構建轉基因生物自然生態風險監測的技術體系和網絡平臺；開展抗蟲玉米、抗除草劑大豆、轉人乳清白蛋白基因奶牛等新品系的自然生態風險評價和監測，形成系統的轉基因生物自然生態風險監測和控制技術、方法和標準；研究轉基因產品加工、應用過程中廢棄物的外源基因及其蛋白質的降解規律，建立相應的檢測、控制技術和排放標準；明確抗蟲、耐除草劑轉基因作物的溫室氣體減排效益。