為充分發揮我所在環境事故污染診斷、水土污染防控、化學品與危險廢物風險管控等方面的科研特色，擬整合全所相關專業技術力量，組建生態環境部南京環境科學研究所環境應急中心，以進一步提高國家環境應急的科技支撐能力。

中心立足我所長期的研究基礎和科研成果積累，加快已有優勢學科實用技術的凝練與孵化，整合全所相關領域科研優勢，以支撐國家環境應急管理為主要任務，主要開展以下工作：開展環境事件（故）應急調查與污染診斷、風險評估與預警預報、環境損害評估、突發環境應急預案編制等的技術研發與咨詢服務；承擔環境污染和生態破壞隱患排查任務；參與相關環境執法檢查工作；配合開展各類環境違法案件與事故調查等。