流域生態保護與水污染控制中心（簡稱流域中心）始建于1978年（水組）；是國內最早一批開展水環境保護科研的部門學科之一。2008年5月，根據國家水污染控制重大專項研究需求重新組建；2012年3月，獲環境保護部正式批準。承擔流域河湖水生態評價、保護、治理與修復，飲用水水源地保護，跨界（境）水環境監控預警等相關研究和技術支持工作。主要研究領域包括流域水污染防治、流域水生態保護與修復、流域水環境風險管理等方面。
1、流域水污染防治。主要開展流域水環境演變機理及效應、河湖生態過程與響應機制研究，污染源解析與總量控制技術、水環境監測評估技術與方法、水環境保護與治理技術、水源地污染物識別和風險管控技術等研發；
2、流域水生態保護與修復。主要開展流域生態保護規劃、生態流量保障與水生態調控、水體富營養化控制、流域健康生態系統構建與評估、流域面源污染負荷核算及控制、水環境生態修復技術標準規范與工程應用等方面的研究；
3、流域水環境風險管理。主要開展流域水環境生態模擬與調控、水污染事件預警預報、跨界水污染物風險監控、流域水環境大數據決策支持平臺等綜合管理技術支撐。
流域中心承擔了多項國家“十一五”、“十二五”、“十三五”水污染控制科技重大專項、國家自然科學基金以及生態環境部、江蘇省、寧夏自治區等一大批環?？蒲许椖?，在流域水污染防治、流域水生態保護與修復、流域水環境風險綜合管理等流域形成了扎實的理論基礎、有效的技術手段和管理措施，為長江生態環境保護與修復、黃河生態環境保護與高質量發展，打贏污染防治攻堅戰發揮了積極作用。
