農村環境保護與有機食品發展研究中心始建于1994年，前身為環境保護局有機食品發展中心，是中國有機食品事業發起者，是推動中國有機事業發展的主力軍和核心力量，開創了中國有機食品事業發展的先河。隨著生態環境保護工作發展的需要，中心研究領域不斷拓展，目前已經形成了三個有特色的學科方向，分別為農村環境保護與面源污染控制、良好土壤保持與污染修復、有機食品發展，成立了中國第一個有機認證機構（原“環境保護局有機食品發展中心”，現在的“南京國環有機產品認證中心”）。
農村環境保護與有機食品發展研究中心是我國最早提出“將推動有機食品發展成為農村環境保護和農業面源污染防治的重要抓手”論點的研究團隊，近年來通過水專項、環保公益項目、科技支撐、重點研發專項、自然基金項目等，開展了基于有機、生態農業的農業環境保護與面源污染控制的模式構建，環境效益綜合評估，有機生產精準技術，有機農業水土耦合保護技術等領域的研究，從環境微生物和農業固體廢棄物資源化的角度，研發環境友好型農田土壤重金屬修復技術。創新開展了有機食品示范縣和示范基地認定工作，引領和推動了區域有機食品的高質量發展。
南京國環有機產品認證中心先后獲得中國、歐盟、加拿大、美國政府和國際有機農業運動聯盟認可，頒發的證書已經成為全球有機產品貿易便利化的“通行證”，獲證產品能夠直接進入美國、歐盟、日本、加拿大及東南亞有機產品市場。2010年，南京國環首次進入歐洲開展有機認證，2016年在意大利博洛尼亞設立歐洲辦事處，目前認證業務已覆蓋五大洲。
多年來，中心全面圍繞農業農村生態環境保護和認證認可工作需求，持續開展科學研究，承擔了國家科技重大專項、國家重點研發計劃、環保公益項目、國家青年基金等項目，為生態環境保護部門、國家認監委和地方政府提供政策和技術支撐，發揮了重要的支撐作用。2013年和2015年，中心專家赴歐洲、泰國參加國家認監委中歐、中泰政府間有機互認會談。目前有1名人員擔任國家認可委認證機構專門委員會委員，1名人員擔任國家認可委農產品認證專門委員會委員，4名人員擔任國家有機產品認證、良好農業規范認證、HACCP認證工作組專家。
中心與美國羅代爾研究所、瑞士FiBL等國內外有機農業和農村環境研究機構建立了廣泛的聯系合作。中心現有科研、認證人員85人，其中高級職稱7人，高級檢查員37人，已經形成了一支結構合理、素質優良的科研和認證團隊。
